Почему это произошло и что будет дальше?

В новой ветке с префиксом _2 первым будет коммит, который полностью соответствует типовой конфигурации из основного хранилища. Как будто никаких проектных изменений не было.

При этом в проектном хранилище все изменения остаются, то есть конфигурация будет Типовая конфигурация + все проектные изменения.

Следующий коммит, который будет выгружен с помощью Гитконвертера будет содержать помимо изменений этого коммита еще и все изменения, которые были сделаны раньше. Поэтому мы в таких случаях, чтобы проверить, что все хорошо обычно просто делаем закладку в хранилище только с подъемом версии. Тогда будет четко видно, что помимо подъема версии еще приехали и все старые изменения.

В итоге получаем красивый merge или pull request в git.

Да, здесь требуются действия по администрированию в Гитконвертер, но это уже привычные и понятные действия.