Главное результат. Рефакторинг и чистота для заказчика не столь важна. Скорее, это нужно самим разрабам. А вот сроки, это да. Это элемент договоренности. Нарушать никак нельзя.

Выбрал бы и то и другое. В сроки нужно закладывать заранее время на эти вещи.

Если время сильно ограничено, то всë зависит от серьëзности проекта. Если это тяп-ляп на пол года - год, то нету никакого смысла сильно заботиться о будущем, иначе это обязательно.