Как «свежебывший» сотрудник гос.органов со стажем более 15 лет , скажу , что все имеет значение. И в гос.органе может быть как хорошо, так и не очень , и в коммерческих структурах. Зависит от вашего типа личности , ценностей , карьерных планов.

И самих конкретных вакансий - для возможности сравнить.

Ну и , часто решает человеческий фактор. Можно как все испортить, так и все облагородить ))

Что хотите в перспективе через 10 лет. Примерно какой план у вас? Госорганы тоже сейчас дают интересные проект и хороший опыт, главное правильно выбрать направление, которое в тренде. Стоит сесть и расписать для себя варианты в две колонки: гос/коммерция и принять решение.