Нет прямого запрета принять к вычету НДС по опоздавшему счету-фактуре в декларации за следующие кварталы

В силу п. 1.1 ст. 172 НК вычеты по НДС могут быть заявлены в налоговых периодах в пределах трех лет после принятия на учет приобретенных товаров.

То есть, можно принять входной НДС к вычету в любом периоде, начиная с квартала, в котором получен счет-фактура, и до истечения трех лет после принятия товаров к учету. Запроса на выездную проверку в связи с этим у налоговой быть не должно.