А в чём проблема? По моему заблуждению — в этом вопросе нет универсального решения. Всё зависит от темы, проблемы, задачи.. Когда делаю очередную web поделку, то есть устоявшаяся структура папок... Когда раскладываю материалы по каким-то жизненным вопросам, то по их логическому устройству... Сложнее, когда один материал/файл/текст/изображение относится к нескольким разным темам, то тут есть "ярлыки"...

Но всё не однозначно... Есть у меня несколько web проектов с большим количеством фотографий/изображений. Каждое изображение надо хранить в нескольких файлах (маленького, среднего, большого, максимального размера) кого-то раскладывал их по разным папкам с одним именем... Но однажды произошла неприятность и все изображения оказались в одной папке и только среднего размера... остальные заменились.. Теперь разные размеры лежат в одном месте, но отличаются именами...

Это я к тому, что решения зависят от задачи...