Обращаю ваше внимание, что остатки отпусков на "Дата остатков" должны быть внесены корректно! Т.е. остаток отпусков в документе "Ввод остатков" должен отражать ситуацию, как будто сотрудник уволен на дату остатков.

После "Даты остатков" расчет остатков отпусков в 1С будет производиться автоматически по всем видам ежегодных отпусков, включая отпуск "за вредность", который исчисляется на основе фактически отработанного в соответствующих условиях времени.

Таким образом, остаток отпусков "за вредность" не может быть отрицательным, так как данный отпуск не предоставляется авансом, а только за фактически отработанное в соответствующих условиях время.