Более того в последних версиях наконец-то ввели божественную опцию track overlaps, которая позволяет перепаковывать юви без складывания оверлапов, пакмастер синхронизирует оверлапы на сдвинутом квадрате с основным.

Такая функция есть, называется Split overlaps, только стопки сдвигаются вправо на 1 каждый раз если островов больше, чем 1. Но для бейка это не является проблемой. Также есть и обратная функция собрать оверлапы все в одну стопку.

В Zen UV есть такое, filter islands by property называется

А с чем связано это? Просто может быть другое решение

Именно так, там нет вроде такого функционала. Есть по группам, но там нужно шелы изначально в группы назначать. К примеру основной  1, а оверлапинг 2 и при паковки установить галку учетов группы. Тогда будет контроль над условно мейном и дубликатами.

Блин, я максовик...