Если взять некую правильную систему и пытаться втиснуть свою работающую компанию в эту систему, то компания, скорее всего, сломается.

Правильнее — понять принципы этой системы и, если они Вам норм — то начать трансформировать компанию по этим принципам.

Например, оценивать подразделения с трех точек зрения:

• Результат. Выполнены ли планы/KPI?
• Процессы. Если результат получили, за героизма (руководителя ли, которые лично крупную сделку провел или коллектива, который по 12 часов работал) — система неустойчива. Те же история, если реальные процессы отличаются от описанных и т.п.
• Люди. Растут ли люди? Без развития людей система деградирует, если у руководителя нет заместителя или на эту позицию только единственный кандидат — тоже устойчивости нет.

Если такой подход удастся внедрить — поздравляю, Вы реализовали существенную часть тойотовского подхода. И, если их идеология борьби с потерями Вам зайдет - её тоже можно внедрить, через развитие людей. Ну и тд