Предположим Петя устроился в компанию и видит что происходит абсолютный трэш по всем фронтам,все до предела неэффективно а офис имитирует деятельность.

И допустим на каждом шагу он четко и твердо даёт разгромные характеристики происходящему, мало того готов фундаментально обосновать что с точки зрения бизнес практик что с позиции аналитики цифр.

И при этом он готов в любой момент взять на себя ответственность и исправить происходящее.

Вместе с тем он даже готов не все сразу менять а совместно выбрать конкретный участок, прописать пилот и реализовать от А до Я

Такой специалист токсичен?

Вот это длинно будет) Сейчас насгущаю. Речь о подмене понятий. 
Дело не в том, что именно делает Петя, а в стиле его поведения: он экспертно фиксирует системные нарушения или переходит на личности? И кому адресована эта коммуникация — руководителю, принимающему решения, или коллегам, которых он фактически обесценивает? Кого он критикует - людей или процессы? 
Петя уже заметил, что никто его не злит - он сам злится? Понимает ли он, что даже при его готовности взять ответственность, любые изменения невозможны без вовлеченности команды? Петя понимает, что сотрудники в компании находятся добровольно, и ему, Пете, никто ничего не должен? Максимум отработать 2 недели после подачи заявления на увольнение.
 В частности, посчитал ли он затраты на возможные сверхурочные сотрудников для произведения системных изменений, и знает ли, что переработки без приказа работодателя — это право, а не обязанность сотрудников, и могут восприниматься как нарушение границ личного времени? 
И какую обратную связь он даст возможному уходу сотрудников — как их карьерному выбору или как предательству?
Ответственность за изменения и ответственность за привычку не обвинять других в своем плохом настроении (в том числе из-за галлюцинации о действии крепостного права) - это разное. Эту ответственность Петя тоже на себя взял? Если взял, так и не токсичен.
 Это не про любезность. Даже точечное или массовое увольнение персонала можно подать экологично. Потому что работа не обязана быть вечной.
 К слову, токсичность не привязана к уровню квалификации, и встречается в любой среде.