Если это просто 2-3 таблички на иннере то разницы никакой, но если там встречаются еще левые и не дай бог правые, то смешивая неявные соединения и джоины можно нажить себе много проблем. Поэтому я если у меня нет лефтов а всего лишь пара тройка иннеров пишу через WHERE иначе через джоины

Неявный из-за нашей невнимательности может что-то пропустить или свалить все в одну кучу. А в явном мы даем установку разложить все по полочкам, минимизируя риски и исключая ошибки

Разница в цене ошибки. Первый вариант две таблицы по 10к записей превратит в 1млн, если неправильно сформулировать WHERE

Явной разнице в результате нет, есть разница логике выполнения скрипта. В join -е четкие условия объедение таблиц а where все условия в куче так сказать