Плагин и настройка через SSH дают доступ ра разных уровнях. gh auth + SSH - это прямой доступ прямо на твоей машине. Из терминала агент сможет делать обычные инженерные вещи: git clone, git pull, git commit, git push, создавать репозитории, настраивать remotes, и тд.

Плагин же, это интеграция вашего приложения с гит API. Может читать репозитории например, но он не делает локальную рабочую копию "живой" средой разработки.

В общем, gh auth + SSH - агент это разработчик за вашим компом. Плагин - это как пульт от гитхаб.

Но вместе они дополняют друг друга.

Если не знаете как все это настроить, попросите агента, он все сделает, а вам остается следовать инструкциям по авторизации на гите.