Если вы экспедитор-посредник и сами не отправляете накладные, то платить за систему вам вообще ничего не нужно — все входящие документы бесплатны. Ваш основной выбор сводится только к качеству софта, поэтому лучше подключаться к Контуру или СБИС: это проверенные гиганты, их приложения работают стабильно, на трассе без глюков.

Если же по вашим договорам платить за пакеты отправки всё-таки придется (если вы в цепочке будите в одном лице как экспедитор и перевозчик или грузоотпровитель), просто выбирайте среди этих двух лидеров более выгодный тариф [Контур.Логистика, СБИС ЭТрН] под свои объемы груза.